Se você costuma acordar durante a noite para usar o banheiro e fica acordada apenas por um curto período de tempo e adormece rapidamente, isso não afetará sua temperatura e você poderá medir normalmente no horário normal do seu alarme.
É importante lembrar que todas somos únicas com rotinas diferentes e, por exemplo, pouco sono pode afetá-la mais ou menos do que outras. Exclua sua temperatura apenas se achar que algo está fora do comum e se sentir diferente nesta manhã por causa disso.